Версии Spider-Man 3 для PSP, PS2 и Wii — это отдельная линейка, которую разрабатывала студия Vicarious Visions, а не Treyarch, создававшая версии для PS3 и Xbox 360; эти версии значительно отличаются от «старших» собратьев — у них другая боевая система, уникальные сюжетные линии с эксклюзивными злодеями (Морбиус, Шрик, Ящер, Крейвен) и своя механика чёрного костюма. Версия для PS2 представляет собой открытый мир с городом, который в 2,5 раза больше, чем в Spider-Man 2 на той же платформе, а боевая система построена на прокачке: новые приёмы покупаются за очки опыта, но большинство из них — лишь улучшения существующих комбо, а враги довольно слабые, что делает драки однообразными; главная фишка — чёрный костюм, который можно надевать и снимать по желанию, но при длительном использовании он начинает «поглощать» Питера, и для снятия нужно проходить QTE-мини-игру. Версия для PSP — это порт версии для PS2, но с улучшенной графикой и эксклюзивным режимом «Conquest Mode», где даётся 5 минут, чтобы выполнить как можно больше уличных заданий и набрать максимум очков героя; главная проблема — неудобное управление раскачиванием на паутине через аналоговый стик и неинтуитивная камера. Версия для Wii использует управление движением: чтобы выпустить паутину, нужно взмахнуть Wii Remote или Nunchuk, а для поворота камеры — зажать кнопку C и наклонить Nunchuk; раскачивание на паутине здесь реализовано глубже, чем на PS2/PSP, но боевая система страдает из-за неотзывчивых взмахов, а управление камерой в бою граничит с неиграбельностью. Все три версии озвучены актёрами фильма (Тоби Магуайр, Тофер Грейс, Джеймс Франко), но их игра часто звучит «скучающей».